史実で「下呂温泉直通特急」やかの有名な「たかやま号」「北アルプス号」が運行されていたように、直通大好き名鉄は飛越鉄道へも直通列車が運行されています。

1930(昭和5)年に名鉄は夏季臨時列車として飛越鉄道を経由して下呂へ直通する列車の運行を打診。多少違うとはいえルートがほとんど被ることから飛越鉄道は当初難色を示していたものの、株主内から名鉄直通列車運行の提言があったこと、第一次世界大戦後の貨物輸送量の減少のため観光客誘致を進めていたことから、翌年の1931(昭和6)年から夏季臨時列車として納涼特急飛水号の運行が開始された。車両は当初はデボ650形、後にデボ700形や750形を半室畳敷きに改装し、飛越鉄道内では定期急行列車にぶら下がるという形態で運行された。またこれをきっかけにして冬季には下呂行き特急の運行を開始。大々的に宣伝され、翌年から週末に運行される定期列車となった。1935(昭和10)年には貫通路や便所を備えたデボ250形が登場し、富山までの運行も開始。さらに翌年には省線にも乗り入れ、金沢乗り入れを果たした。金沢乗り入れにあたり、当初は実績のない小私鉄の車両の直通は保安上の問題があるなどして拒否したが、昭和天皇の行幸、華族の浅野家の利用実績などを盾に反論。見事に言い包めることに成功し直通を果たした。

なお戦局の悪化に伴いこれらの列車の運行は1945(昭和20)年までに自然消滅している。(1944年時点ではまだ時刻表に記載がある)

戦後すぐから名鉄は直通列車の運行再開を模索していた。当時は飛騨観光ブームであり、東京方面からの客を確保するためには名駅に乗り入れる必要があったため、これは飛越鉄道にとっても渡りに船であった。

1963(昭和38)年に長距離運行用にデッキやトイレを設けた特別仕様の7000系パノラマカー(以下7200系と呼称)が登場し「特急たかやま号」の運行が開始された。

1965（昭和40）年には築港線の側線の大部分を名古屋臨海鉄道に譲渡することとなり、その補償条件として飛越鉄道を経由しての金沢乗り入れが認められ、キハ8000形を用いた「特別準急かが号」の運行が開始された。夏季の海水浴シーズン中は金沢からさらに足を伸ばし、北陸鉄道能登線の三明駅まで直通した。この直通は北鉄能登線が廃止される1972(昭和47)年まで続いた。

が運行されていた。

どれも大好評であり、全車指定席扱いでありながら特に夏季などは乗車券を確保するのが非常に難しいことで有名となった。

なお登場翌年の1966(昭和41)年に国鉄が100㎞以上運行する準急列車を急行へ格上げすることが決定したことを受け、かが号は急行に格上げされている。

大きな動きがあったのは1970(昭和45)年のこと。

かが号は運行区間が伸び、国鉄能登線の珠洲と国鉄七尾線の輪島まで足を伸ばすようになった。

この時キハ8200形を増備し、両数も最大8両に増強。列車は穴水で分割された。

また、立山アルペンルートの開通を受けて、名鉄は地鉄への乗り入れと資本参画を画策。

それまで良好とは言えなかった飛越と地鉄の関係に難航したものの、夏季臨時列車として「たかやま号」を立山まで延長運転。

同時に名称を「北アルプス号」に変更しているほか、通常の行先を飛越富山まで延長している。

1976(昭和51)年には国鉄の増収政策の結果、ついにかが号は特急に昇格したが、もともと準急用として製造されたこともあり、特急とするには少々見劣りするようになった。

そのことは名鉄も飛越も理解していたのか飛越線内は急行扱いのままであった。

　その後はしばらく大きな動きはなかったが、1984(昭和59)年からパノラマDX 8800系が北アルプス号に投入された。

　キハ8000・8200の内装の見劣りが1980年代後半に入ると見過ごせなくなってきていただけでなく、北アルプス号はもともとそこそこハイスペックなパノラマカーやその足回りを流用したパノラマDXを使用していたことでスピードアップにも対応できたが、キハ8000・8200の最高速度95㎞/hでは流石に周りの高速化の波にも耐えられなくなってしまった。また、JR西日本が投入した「ゆぅとピア」に影響され、電車並みの加減速性能と高速性能、豪華設備を持つ新車を導入することになり、1991年にキハ8500が投入された。

平屋車だけでなく、パノラマsuperと同等の車体を持つパノラマ車も投入されている。

 　そして2005年。中部国際空港の開港に合わせ、名鉄直通の全列車が中部国際空港への乗り入れを開始。2009年には2000系とほぼ同一の構造ながら長距離仕様にした2500系が登場し、惜しまれつつもパノラマカーが引退した。

2016年に北陸新幹線が開業すると、富山以遠への直通特急を富山で分断する話も上がったが、結局直通は継続され、2000系と同一の車体を持つキハ2800系を新造し増発が行われた。

現状の飛越鉄道直通列車

北アルプス号(中部国際空港ー高山・飛越富山・立山)　使用車両：8800系、1000系、2500系

　　かが号　(中部国際空港ー金沢・和倉温泉・輪島・蛸島)　使用車両：キハ8500系、キハ2800系